本作继承「数码世界」系列系统，要「培育」有寿命的数码宝贝，一起在数码世界中「冒险」，以及与其他野生数码宝贝「战斗」，是款养成系RPG。
主角是突然穿越到数码世界的高中三年级学生。为了拯救面临危机的数码世界，与2只数码宝贝一起踏上旅程。
■同时「培育」2只伙伴数码宝贝
本作数码宝贝有寿命限制，需要喂食、教导规矩、照顾大小便以及训练，借着这些照顾使数码宝贝成长，可进化的数码宝贝种类高达230种以上。
这也是第一次可同时培育2只伙伴数码宝贝，培养伙伴数码宝贝间的「羁绊」，可提升训练效率，伙伴间也会互相支持照顾与教导规矩，可一边感受到数码宝贝间的「羁绊」一边培育。
■从初始街道──开拓镇开始异世界数码世界的「冒险」
「开拓镇」因机械邪龙兽的袭击崩毁，居民也散落各地。玩家要以这座城镇为基地，与伙伴数码宝贝一起在数码世界中冒险，获得情报与道具来完成任务。
在任务中帮助遇到困难的数码宝贝，他就会移居到开拓镇，建立可帮助培育或冒险的新设施，随着城镇发展，培育与冒险将会变得更容易。
还可以在野外钓鱼，与伙伴数码宝贝一起享受优闲的时光。
■对自己行动的数码宝贝下达指令（Order）的战略「战斗」
野外有很多数码宝贝，一接触就会进入战斗。
伙伴数码宝贝会自己思考与敌人的距离与使用招式。当我方遇到危机时，有时也会互相支持。平时的照顾与训练等培育方式，也会改变他们的战斗方式。
但玩家不是只能观战，可以为伙伴数码宝贝加油、用Order系统指示伙伴数码宝贝发动强大招式、使用道具，或是只有2只伙伴数码宝贝才能使用的合体必杀技与特殊强力招式「EXE」。视战况改变战术，与伙伴们同心协力战斗。